2016年实验室主持或参与在研的国家和省部级等科研项目86项，包括国家重大科学研究计划1项，国家重点研发计划4项，“973计划”课题2项，国家重大科研仪器研制项目1项，国家自然科学基金项目22项，科技基础性工作及社会公益研究专项1项，公益性项目7项。纵向课题到位经费5000万元。2016年新增国家自然科学基金6项，新增纵向科研经费合同额3654万元。
围绕山东省、青岛市等海洋经济发展和半岛蓝色经济区发展，实验室积极服务地方经济建设，能力不断加强，2016年度新增科技服务与咨询等横向项目50项，合同经费1645万元。
序号 | 项目/课题名称 | 编号 | 负责人 | 起止时间 | 经费(万元) | 类别1 |
| 1 | 街区尺度的城市风暴潮漫滩数值预报系统的研究和示范应用 | 2016YFC1401504 | 江文胜 | 2016.9.1-2020.12.31 | 100 | 国家重点研发计划 |
| 2 | 海洋典型生态系统储碳过程的调控机制 | 2016YFA0601202 | 刘光兴 | 2016.7.1-2021.6.30 | 468 | 国家重点研发计划 |
3 | 基于船载和车载的移动走航探测技术 | 2016YFC0200504 | 姚小红 | 2016.7.1-2020.6.30 | 625 | 国家重点研发计划 |
| 4 | 黄海沿海典型区海水入侵防治技术研究与应用示范 | 2016YFC0402810 | 郑西来 | 2016-2020 | 160 | 国家重点研发计划 |
5 | 渔业种群早期生活史生境的形成和变迁过程与机理* | 2015CB453301 | 王震宇 | 2015.1.1-2016.12.31 | 180 | “973”计划（973） |
6 | 大气物质沉降对海洋氮循环与初级生产过程的影响及其气候效应 | 2014CB953700 | 高会旺 | 2014.1.1-2018.8.31 | 1500 | 国家重大科学研究计划 |
7 | 污染物的环境地球化学研究 | 41325013 | 王震宇 | 2014.1.1-2017.12.31 | 320 | 杰出青年基金 |
8 | 亚洲沙尘沉降对近海和大洋初级生产过程影响的对比研究 | 41210008 | 高会旺 | 2013.1.1-2017.12.31 | 300 | 国家自然科学基金重大国际合作研究项目 |
9 | 水体中人工纳米颗粒与有机污染物的交互作用及对水生植物和藻类的致毒机制 | 41120134004 | 王震宇 | 2012.1.1-2016.12.31 | 300 | 国家自然科学基金重大国际合作研究项目 |
10 | 复杂深海工程地质原位长期观测设备研制 | 41427803 | 贾永刚 | 2015.1.1-2019.12.31 | 920 | 国家重大科研仪器研制项目 |
11 | 海洋生态与环境科学方向五：近海环境污染、效应及其控制理论与方法* | U1406403 | 高会旺 | 2014.1.1-2017.12.31 | 275 | 国家自然科学基金 |
12 | 高度城市化影响的胶州湾海-气界面CO2通量及主要控制机制 | 41376123 | 张龙军 | 2014.1.1-2017.12.31 | 85 | 国家自然科学基金 |
13 | 海岸和海洋污染大气中新粒子增长到云凝结核所需粒径的关键物理化学过程研究 | 41376087 | 姚小红 | 2014.1.1-2017.12.31 | 85 | 国家自然科学基金 |
14 | 黄河口海域盐度变化对入海泥沙沉降与固结及侵蚀过程影响 | 41372287 | 单红仙 | 2014.1.1-2017.12.31 | 83 | 国家自然科学基金 |
15 | 海洋贝类对纳米银的吸收及其生物效应 | 41276104 | 潘进芬 | 2013.1.1-2016.12.31 | 80 | 国家自然科学基金 |
16 | 扇贝滤食甲藻的过程中麻痹性贝毒代谢轮廓及代谢物毒性研究 | 41376122 | 李爱峰 | 2014.1.1-2017.12.31 | 80 | 国家自然科学基金 |
17 | 沙尘天气对近海大气中生物气溶胶粒径分布和微生物活性及群落结构 | 41375143 | 祁建华 | 2014.1.1-2017.12.31 | 80 | 国家自然科学基金 |
18 | 轮船排放烟尘对海洋初级生产力的影响探究 | 4141101141 | 高会旺 | 2015.4.1-2017.3.31 | 9.9 | 国际(地区)合作与交流 |
19 | 我国水环境基准基础数据的调查和整编 | 2014FY120603 | 王震宇 | 2014.5.1-2018.4.30 | 100 | 科技基础性工作及社会公益研究专项 |
20 | 青岛大沽河地下水水源地生态保护与修复 | 20150114 | 郑西来 | 2014.12.1-2016.11.30 | 264 | 重大横向合作 |
《海洋与气候变化国家评估报告》编制 | 20160358 | 江文胜 | 2016.10.1-2017.12.31 | 449.95 | 重大横向合作 |