依据教育部有关要求，实验室实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。本评估期内，实验室进一步明确了定位与任务、分工与职责，设置了专职秘书与仪器管理人员对实验室进行有序的日常管理。“实验室规划与发展管理委员会”进行了换届，继续为科研发展方向、经费投入、大型仪器使用、实验室验收、评估等重大事项提供决策参考。

实验室进一步完善了相关管理制度，特别对实验室年会举办、年报编写、经费使用、科研助理招聘、讲座申办、科普活动等流程进行了规范。修改完善了《大型仪器设备管理人员工作职责》、《大型仪器设备开放管理办法》，保证大型仪器的有偿使用制度的顺利实施和仪器设备处于良好运行状态。同时，对实验室的条件保障、技术支持等环节进行了系统梳理和责任界定，重点对人员及其分工、职责、管理权限提出了行之有效的举措，编写了新一版《实验室运行管理手册》，完善实验室运行管理保障体系。实验室运行期间未发生重大安全事故。

实验室2016年换届，共召开4次学术委员会会议，学术委员会听取和审阅年度报告、研究进展、队伍建设和人才培养、开放与交流及工作设想等方面的汇报，逐一讨论和指导，特别在研究方向、人才引进、学术交流方面提出了宝贵的意见与建议。实验室把握重大科学问题、承担大型项目的能力不断提升，形成了团结奋进、创新发展的学术氛围。

实验室设有独立网站（http://klmee.ouc.edu.cn/），并及时动态更新，展示实验室规章制度、各项活动和有关科研进展，成为实验室对外交流、增强学术影响力的重要窗口。

  实验室一贯注重学术道德的宣传和培养，无违反学术道德的事件发生。